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藥學系網站：https://pharm.cnu.edu.tw/

本校創辦人王趁先生從事藥業熱心教育，因鑒於教育是國家百年大計，而醫藥為人類所依，乃立志培植藥學人才為社會服務為人類造福，遂於民國五十五年春奉教育部核准成立五年制藥學科(修業六年)。五十八年增設保健藥學科(共招收七屆)，民國五十九年又成立二年制實用技藝部藥學科(共招收三屆)。民國八十一年成立進修部藥學科，招收藥劑生在夜間部修讀三年，經國家考試及格後取得藥師資格。藥學科成立後，歷經多年來之規劃與建設，舉凡教學設施、設備、儀器、師資及學生素質等都有顯著的進步，尤其校園廣闊清幽，實為莘莘學子求學之理想環境。民國八十五年七月正式升格為「嘉南藥理學院」(Chia-Nan College of Pharmacy and Science)，停招五專，「藥學科」也同時改名為「藥學系」，招收四年制大學部學生。民國八十九年再度奉准改名「嘉南藥理科技大學」(Chia-Nan University of Pharmacy and Science)。九十三年起停招二技日間部，九十六年起停招二技進修部，九十七年起停招進修部二年制在職專班。為因應藥學教育改革及提升藥師專業能力，於一0七年獲教育部核准四年制大學部由修業四年改為修業五年。目前本系計有日間部四年制修業五年為25班，碩士班2班以及碩士在職專班2班，共29班，超過1300位學生。